若松惠比須神社のご由緒は、今からおよそ一千八百年前、仲哀天皇が神功皇后とともに筑紫野の国へおいでになった時、洞海湾にさしかかると、お出迎えした岡県主熊鰐の奏上により天皇は外海を、皇后は内海を進まれました。皇后の御船が内海の洞海湾を進まれた時、お伴をしていた武将の武内宿禰（タケウチノスクネ）の命令で漁夫に海底を調べさせたところ、海の底からいとも清らかに神々しく光り輝く玉石を発見しました。
これを献上したところ天皇はこの石をお手にとってご覧になり、「これは海の神がこの度の筑紫への船旅をつつがなく守ってくださるという御心のしるしであろう。」と、大変お喜びになったので、武内宿禰が近くの浜辺に船を寄せて上陸し、この霊石を祀ったのが、当神社の御鎮座の始まりであり、この霊石は当神社の御神体として、今も本殿の奥深く内々陣の浄暗に荘厳に鎮まっておられます。
主神である事代主神は「恵比須さま」、大国主神は「大黒さま」と呼ばれ、いずれも人々に幸福と財宝と長寿とを授けられる、慈愛の心に満ち溢れた神様として、親しみ敬われております。